モバイルクルーザーの発売元にある通り、現在注意事項として以下のことがあがっております。
「iPod Updater 2005-02-22」に含まれる「iPod shuffle Software 1.1」にアップデートするとモバイルクルーザーを認識できなくなります。あらかじめご了承下さい。
たまたま当方はiPod shuffleをバージョンアップさせていないので上記のことを知らずにいてもトラブルにいたらなかった。ただ、最近iPod shuffleを購入された方は必ずiPod shuffleのバージョンを確認することを忘れないように。また、今後出荷されるであろうiPod shuffleは確実にバージョンアップされていると思われますので、残念ながらそいう方は現状では純正を購入されることをお奨めします。

しかし、モバイルクルーザーのキーワード検索で当サイトが上位の位置にいるとは
もっと早く、モバイルクルーザーの件は書くべきだった　orz

2005/03/14　追記
バージョンアップしても下記のやり方で使えるらしい。当方は未確認！
2chから引用
1.Shuffleをさしたままモバイルクルーザーをコンセントにさす。
2.表のランプが消灯したら一旦コンセントから抜く。
3.もう一度コンセントにさし、バッテリー確認ボタンを押す。